In Svizzera si trovano le sorgenti di alcuni dei più importanti fiumi d'Europa e la prevenzione del loro livello di inquinamento è un fattore di particolare importanza.

Molto è già stato fatto a partire dalla metà del XX secolo nell'ambito del miglioramento della qualità dell'acqua con la costruzione di una serie di impianti di depurazione per il trattamento delle acque di scarico.

Il problema degli additivi chimici, e in particolare dei fosfati presenti nei detersivi che si accumulavano nelle acque dei laghi, è stato parzialmente risolto. Dal 1985 la presenza di fosfati nei detergenti per bucato è proibita, ma resta ancora permessa nei prodotti per lavastoviglie che vanno ad aggiungersi ai fosfati contenuti nei letami naturali utilizzati in agricoltura.

La presenza eccessiva di questi componenti favorisce la crescita di alghe che ha come conseguenza una riduzione della presenza di ossigeno nell'acqua conducendo alla morte una buona parte della fauna e della flora acquatica. Sono i laghi minori a subire le conseguenze più importanti, ma anche laghi importanti come il Lemano e il lago di Zugo sono interessati.

Un nuovo problema è posto oggi dai micro-inquinanti, sostanze che non possono essere filtrate dagli impianti di depurazione convenzionali. Tra i micro-inquinanti una buona parte è rappresentata da residui farmaceutici i cui effetti a lungo termine sono ancora sconosciuti.

La controversa pratica, perseguita tra il 1930 e il 1960, di eliminare le munizioni militari obsolete depositandole sul fondo dei laghi più profondi del paese suscita oggi preoccupazione nell'opinione pubblica. Le autorità smentiscono comunque ogni rischio o pericolo.

Le riserve ittiche svizzere hanno subito negli ultimi anni una costante riduzione. La concomitanza di più fattori sembra esserne la ragione: habitat ridotto, inquinamento, malattie infettive e aumento della temperatura dell'acqua.

Un allarme è stato sollevato nel 2000 quando su una grossa porzione dei coregoni del lago di Thun  sono state trovate anomalie agli organi di riproduzione; la causa resta tutt'oggi oscura.