CFF Cargo est le secteur de transport de fret des CFF. En 2001, CFF Cargo a obtenu le deuxième score dans l'histoire des CFF en acheminant 59 millions de tonnes, mais il reste encore largement dans le rouge. CFF Cargo a établi son siège à la frontière au nord de Bâle, appelée à devenir un «Eurohub» puisqu'elle assurera les opérations de transport entre l'Italie et le Benelux, le nord de l'Allemagne et la Scandinavie.

Quel que soit le chargement, il est bien évidemment plus efficace de travailler ensemble aux frontières tant pour les clients que pour les chemins de fer. Mais coopération n'exclut pas concurrence. Bien qu'ils coopèrent avec leur homologue allemand, DB, les CFF ont repoussé l'offre de fusion avec DB car ils ne voulaient pas renoncer à leur indépendance.

En revanche, CFF Cargo a conclu, en 2001, une alliance stratégique avec une entreprise privée allemande, HGK, et, en juin 2002 toutes deux ont établi une filiale, SRC Köln, chargée du transport de fret entre les ports de la mer du nord et Bale, et par la suite en Italie.

Entre temps, l'entreprise privée suisse, BLS, qui gère l'important tunnel du Lötschberg desservant l'Italie, a également créé sa propre filiale de fret, BLS Cargo. Et, en juin 2002, DB Cargo reprenait 20% de son capital. CFF Cargo a donc maintenant un concurrent sur les lignes suisses et allemandes.

En ce qui concerne les lignes méridionales, CFF Cargo avait pensé former une coentreprise avec son homologue italien, FS Trenitalia Cargo, avec lequel elle coopérait depuis plusieurs années. Mais face aux problèmes - concernant particulièrement la ponctualité - CFF Cargo a décidé de fonder sa propre filiale dans le Nord de l’Italie. En Italie aussi elle fera concurrence à BLS Cargo, qui s'attend à ce qu'une entreprise privée italienne, Abrogio, reprenne 2,3% de son capital.