Les nanotechnologies représentent un domaine très prometteur de la science, mais certaines de leurs applications ne sont pas exemptes de tout risque pour la santé et l'environnement.

On craint par exemple que les techniciens puissent être contaminés par certaines particules émises au cours de la fabrication des nano-matériaux. Si ces même matériaux sont produits à l'échelle industrielle et vendus sur le marché, ces particules risquent alors de se retrouver en grande quantité dans l'environnement et pourraient menacer toute la population.

Il a été prouvé que ces nano-particules peuvent pénétrer dans le corps par les poumons et, dans certains cas, atteindre le cerveau via la circulation sanguine. Par contre, on ne sait pas si une pénétration par la peau est possible.

On a également pu montrer que les fullerènes, des molécules utilisées pour transporter certains médicaments dans le corps, peuvent pénétrer le cerveau des poissons et l'endommager.

L'Office fédéral de la santé publique et l'Office fédéral de l'environnement ont mis au point un plan d'action pour évaluer les dangers potentiels des nanotechnologies. L'une des mesures envisagées consiste à convaincre les scientifiques eux-mêmes, par l'intermédiaire d'un programme de recherche financé par le Fonds national, de se pencher sur les effets secondaires des nano-matériaux.