Les rapports entre les Confédérés et les autres territoires faisant aujourd'hui partie de la Suisse vont prendre différentes formes allant de l'assujettissement à l'indépendance.

Côté 'assujettissement', il y a d'abord les territoires pris à la suite de conquêtes et qui ont le statut de 'bailliages communs'. Un bailli – chargé d'administrer le territoire – y est nommé à tour de rôle par un membre de la Confédération. Les membres 'urbains' de la Confédération avaient de leur côté des sujets, par exemple des localités situées dans la campagne entourant leur territoire.

Ces 'pays sujets' jouissaient souvent d'une large autonomie et avaient même parfois le droit de désigner leurs propres autorités.

Il y avait aussi les traités dits de combourgeoisie par lesquels certaines villes étaient incorporées en vertu d'accords conclus avec une autre ville, un monastère ou même avec un noble. Les modalités variaient de cas en cas mais une clause de l'accord prévoyait généralement que le territoire objet de la combourgeoisie s'engageait à fournir des troupes et de l'argent ce qui lui garantissait protection et accès à des marchés. Berne utilisera largement ce système et mènera à cet égard une politique particulièrement offensive pour étendre son pouvoir vers l'ouest.

Il y avait finalement les territoires appelés 'pays alliés' dont le statut variait considérablement de cas en cas.

Certains 'pays alliés' deviendront par la suite membres à part entière de la Confédération, d'autres ne feront pas ce pas et mèneront leur propre politique, d'autres enfin deviendront de purs protectorats.