Entre 1798 et 1815, la Suisse change plusieurs fois de frontières au gré des décisions et des guerres.

En 1798, les villes alliées de Genève et Mulhouse sont incorporées à la France. En 1802 le Valais est détaché de la République helvétique et reste indépendant quelques années jusqu’à ce que Napoléon l’incorpore à l’Empire, en 1810, en tant que Département du Simplon. En absorbant le Valais, la France se dote de deux passages alpins très importants – le Simplon et le Grand-Saint-Bernard – ce qui évite à Bonaparte de traverser la Suisse avec ses armées. La Suisse gagne aussi quelques territoires, notamment le Fricktal à l’Est de Bâle. Cette région autrefois autrichienne, envahie par la France en 1799 puis intégrée à la République helvétique en 1802, sera intégrée dans la nouvelle entité territoriale créée par l’Acte de Médiation : le canton d’Argovie.

Les Grisons passent plusieurs fois des mains françaises aux mains autrichiennes entre 1799 et 1800, mais la victoire finale revient à la France qui décrète, en 1801, que ce territoire doit devenir le 16e canton suisse. Néanmoins le nouveau canton ne rentrera plus jamais en possession de ses anciens sujets, incorporés à la République cisalpine par Napoléon en 1797.