Une fois happée par le tourbillon révolutionnaire français, la Suisse n’a plus aucun moyen d’échapper à la guerre qui va ravager l’Europe pendant seize ans. La présence de nombreuses troupes étrangères va considérablement appauvrir le pays. En 1799 la Suisse sert de champ de bataille lorsque les les troupes autrichiennes et russes tentent, sans y parvenir, de déloger les Français.

La République helvétique devient rapidement ingouvernable. Le parlement est déchiré entre fédéralistes et républicains (favorables à un modèle centralisé) et le pays sombre dans la guerre civile, ce qui oblige Napoléon à intervenir comme « médiateur ».

En mars 1803 il décrète l’Acte de Médiation qui ne conserve presque rien de la république centralisée mise en place cinq ans auparavant. L’Acte de Médiation restaure l’ancien système fédéral en élevant toutefois les anciens sujets au rang de cantons. Il crée six nouveaux cantons : Argovie, Grisons, St-Gall, Tessin, Thurgovie et Vaud. C’est la première fois que de nouveaux membres entrent dans la Confédération depuis 1513.

La nouvelle constitution reconnaît implicitement la neutralité helvétique, mais mais la Suisse doit encore fournir des troupes à Bonaparte, une mesure très impopulaire. Et même si le nombre de soldats fournis sera progressivement ramené de 18 000 à 12 000, de nombreux Suisses mourront au combat sous la bannière tricolore.

Le plus connu de leurs exploits est la résistance qu’ils opposèrent aux troupes russes pour couvrir la retraite à la Bérézina, lors de la désastreuse campagne de Russie en 1812. Pendant toute la journée, 1300 Suisses retinrent 40 000 Russes pendant que la Grande Armée – ou ce qui en restait – franchissait la rivière en débâcle sur des pontons. Ils payèrent un très lourd tribut puisque seuls 300 d’entre eux survécurent, mais ils avaient sauvé l’armée napoléonienne d’une destruction totale.