Les Français abolissent tous les gouvernements et les constitutions en place et restructurent entièrement le territoire.

Même si la plupart des pays sujets voient d’un bon œil ce démantèlement de l’ancien régime, nombreux sont ceux qui espèrent le voir remplacé par une nouvelle confédération aux liens tout aussi souples, mais au sein de laquelle les pouvoirs seraient répartis plus équitablement et où tous les citoyens auraient les mêmes droits.

La réalité fut tout autre. En 1798, des révolutionnaires suisses soutenus par la France imposent une nouvelle constitution qui crée un état centralisé : la République helvétique. La distinction entre cantons, alliés, sujets et bailliages est abolie et les frontières administratives sont redessinées sans tenir compte de l’évolution historique. La Diète, qui n’avait pratiquement aucun pouvoir, est dissoute et l’on met en place un parlement bicaméral dont les députés sont élus indirectement et un Directoire composé de cinq personnes qui exerce le pouvoir exécutif.

Même si le gouvernement est en mains suisses, le pays doit accepter de nombreuses mesures imposées par la France, parmi lesquelles loger et nourrir les troupes françaises – principalement aux frais des citoyens ordinaires – et permettre à ces troupes d’utiliser la Suisse comme route de transit. La Suisse doit aussi accepter un traité d’alliance avec la France qui rompt avec la tradition de neutralité que les Confédérés avaient développée pendant la guerre de Trente Ans.