Au cours du XVIIe siècle, de nouveaux jalons sont posés dans le développement de la Suisse moderne. Ils découlent de la guerre de Trente Ans qui ravage l’Europe entre 1618 et 1648, en particulier l’Allemagne, et dans laquelle le Corps Helvétique parvient à rester neutre.

Premièrement, les Confédérés comprennent que leur intérêt commun est de rester unis et de vaincre leurs divergences afin de ne pas se laisser entraîner dans ce conflit paneuropéen.

Deuxièmement, ils formalisent progressivement la notion de neutralité armée afin de prévenir toute incursion de troupes étrangères.

Troisièmement, les signataires du traité de Westphalie, qui met fin à la guerre de Trente Ans, reconnaissent explicitement l’indépendance totale des cantons suisses qui ne font dès lors plus partie du Saint Empire.

Malgré cela, la Suisse n’est pas un havre de paix. Pendant la seconde moitié de ce siècle, les tensions sociales et religieuses dégénèrent en conflits ouverts entre villes et campagnes et entre catholiques et protestants.