Les cantons suisses ont su éviter l’éclatement du Corps Helvétique en restant en dehors de la guerre de Trente Ans, mais cela ne signifie pas qu’ils ont gommé leurs divergences religieuses. Les tensions confessionnelles vont déchirer le pays à deux reprises en moins de soixante ans.

Il s’agit des guerres de Villmergen, du nom du lieu situé aujourd’hui en Argovie où se sont déroulées deux batailles décisives.

Protestants et catholiques s’affrontent une première fois en 1656, car Zurich veut imposer aux cantons catholiques des mesures améliorant la condition des protestants installés chez eux. La défaite des protestants est cuisante.

Les deux parties s’affrontent une seconde fois en 1712. À l’origine, un conflit opposant la population du Toggenbourg, protestante, au monastère de St-Gall dont elle est le sujet, à propos d’une route que l’abbé de St-Gall veut faire construire entre la Suisse centrale, sa ville et l’Allemagne méridionale à travers le Toggenbourg. Zurich et Berne soutiennent les habitants du Toggenbourg et infligent une lourde défaite aux catholiques.

Le traité de paix conclu suite à cette victoire des protestants modifie considérablement l’équilibre des forces entre catholiques et protestants à la Diète et met un terme à la domination catholique.