La guerre de Trente Ans est un conflit religieux et territorial au cours duquel les alliances se font et se défont. Mais d’une manière générale, elle oppose le Saint Empire romain germanique et ses alliés catholiques aux autres grandes puissances européennes. À l’aube du XVIIe, l’Empire est contrôlé par les Habsbourg qui règnent également sur l’Espagne. Quoique catholique, la France soutient les protestants afin d’affaiblir l’Empire.

Les Confédérés parviennent à rester hors du conflit grâce à la complexité du réseau d’alliances qu’ils ont conclues dans la seconde moitié du XVIe siècle. Même si la plupart de ces traités ont des racines confessionnelles, les cantons saisissent rapidement qu’en soutenant chacun leurs coreligionnaires, ils risquent de faire éclater la Confédération.

Ainsi, lorsque des troupes étrangères protestantes pénètrent sur le territoire suisse et violent sa neutralité en 1633 puis en 1638, la Diète réagit en créant un « Conseil de guerre » composé d’officiers catholiques et protestants capable de réunir 36 000 hommes en armes pour défendre les frontières de la Confédération. L’acte fondateur de cette institution est le « Défensional de Wil » signé en 1647.