Le XVIe est un siècle de bouleversements. La volonté de réforme du catholicisme aboutit au schisme de l’Église chrétienne d’Occident à cause du refus des protestants de reconnaître l’autorité du Pape.
Mouvement religieux en apparence, la Réforme traduit aussi de profondes tensions au sein de la société. En Suisse comme ailleurs, il règne un climat insurrectionnel. Les partisans de la Réforme détruisent les « idolâtries » – statues, peintures, etc. Les monastères et les couvents sont vidés de leurs occupants qui, bien souvent, n’y reviendront jamais.

Le mécontentement est grand et le mouvement s’attaque ensuite aux structures mêmes de la société. Des mouvances « extrémistes » du protestantisme enracinées dans les campagnes, telles que l’anabaptisme, vont jusqu’à réclamer l’abolition des dîmes et des cens, mais elles sont violemment réprimées par les meneurs du courant protestant dominant.

Le conflit théologique débouche sur un débat plus large sur la tolérance dans lequel Genève adopte une attitude autoritaire, emprisonnant, bannissant et envoyant même au bûcher ceux qui osent contester la doctrine officielle. Bâle devient en revanche un modèle de tolérance et de libéralisme.