La Suisse est le berceau de deux branches dominantes du protestantisme, l’une en Suisse alémanique, l’autre en Suisse romande.

Ulrich (ou Huldrych) Zwingli, 1484-1531

Zwingli naît dans une famille de paysans libres du Toggenbourg, en Suisse orientale et, après ses études, il devient curé à Zurich. Savant et linguiste, il lit la Bible en grec et en hébreu. Rapidement acquis à la cause de la Réforme, il prêche que la religion, qui guide les Chrétiens dans leur vie et leur spiritualité, doit se fonder uniquement sur la Bible, et qu’il faut écarter toutes les règles et interprétations ajoutées par l’Église.

Partisan d’une séparation totale entre l’Église et l’État, il en appelle pourtant aux autorités temporelles pour que leurs lois s’inspirent de la loi divine.

Il travaille ardemment à la diffusion des idéaux de la Réforme en Suisse et à une réorganisation plus cohérente de la Confédération sous l’égide du protestantisme. Il est tué en 1531 lors de la seconde bataille de Kappel qui oppose les Cantons catholiques aux protestants.

Jean Calvin (ou Cauvin), 1509-1564

Calvin, dont le nom est associé pour toujours à celui de Genève dont il a fait la « Rome protestante », était français. Après avoir rompu avec l'Église catholique romaine, vers 1532, il fuit la France et cherche asile d’abord à Bâle, puis à Genève.

Genève n’est pas membre de la Confédération mais elle a conclu des traités de combourgeoisie avec Berne et Zurich.

Calvin vient une première fois à Genève en 1536, mais il en est banni deux ans plus tard à cause de la rigueur morale qu’il veut imposer. Après avoir été invité à revenir en 1541, il instaure peu à peu une théocratie dans la cité lémanique. L’Église est placée au-dessus du pouvoir séculier et agit comme guide spirituel du gouvernement.

Par sa doctrine du salut par le travail et l’idée selon laquelle la richesse serait une récompense divine, Calvin joue un rôle certain dans l’essor du capitalisme moderne. Il encourage d’ailleurs l’activité commerciale et manufacturière et contribue ainsi à la prospérité de Genève.