Les cantons les plus puissants et les plus peuplés adoptent le protestantisme dès le début de la Réforme. Pendant ce temps, les contrées restées fidèles au catholicisme affûtent leurs armes pour la riposte.

Dans les régions catholiques, les autorités séculières assument de nombreux rôles incombant à l’évêque dans les domaines de la justice et de la finance notamment. Dans certains cas, il leur revient même de nommer les prêtres.

Dans le sillage de la Réforme, le niveau d’instruction augmente, ce qui incite les catholiques à instituer, eux aussi, un programme d’études qu’ils confient aux Jésuites.

En Suisse, l’artisan le plus actif de la Réforme catholique est le cardinal Charles Borromée (1538-1584) qui fonde un séminaire à Milan en 1579, le Collegium Helveticum, où doit être formé le clergé suisse. Canonisé en 1610, Borromée est considéré comme le patron de la Suisse catholique (et de Monterey en Californie !).

Les catholiques regagnent également du terrain sur le plan territorial. Après la défaite de Zurich à Kappel, en 1531, certains bailliages communs reviennent au catholicisme, tout comme le Chablais et le Pays de Gex lorsque Berne les rend à la Savoie, en 1567. Il en va de même de certains des territoires rendus à l’Évêque de Bâle en 1581. Le Valais abandonne aussi progressivement la religion réformée après l’intervention des cantons catholiques.

D’autres régions restent attachées à la Réforme malgré toutes les pressions. Tel est le cas, en particulier, du Toggenbourg qui, bien qu’appartenant au monastère de St-Gall, reste protestant. Dans certains cantons, chaque paroisse peut choisir sa religion. Ainsi, Glaris reste biconfessionnel, mais Appenzell se scinde en deux en 1597, donnant naissance aux demi-cantons des Rhodes-Intérieures, catholiques, et des Rhodes-Extérieures, protestantes.