Au début de la Réforme, Berne est en phase d’expansion et cherche à étendre son influence à l’Ouest en exploitant la faiblesse de la Maison de Savoie qui règne, entre autres, sur le Pays de Vaud et le comté de Genevois (qui ne comprenait pas la ville de Genève).

À la même époque, Genève est en conflit avec son évêque, qui est soutenu par le duc de Savoie. Bernois et Genevois partagent donc les mêmes sentiments anti-savoyards, ce qui les conduit à conclure un traité de combourgeoisie en 1526.

La situation évolue lorsque, en 1536, les Bernois décident de prendre des mesures pour prévenir ce qu’ils voient comme une tentative de prise de contrôle de la Savoie par la France. Ils envahissent le Pays de Vaud, le Chablais et le Pays de Gex et entrent dans le Genevois. Fribourg et Valais, qui rejoignent l’expédition plus tard, se partagent ces conquêtes avec Berne qui obtient la part du lion.

Genève conserve son indépendance mais Lausanne, qui est aussi liée à Berne par un traité de combourgeoisie, et le Pays de Vaud tout entier deviennent des sujets bernois.

Après cette conquête, Berne impose immédiatement la religion réformée dans ses nouvelles possessions. C’est dans ce contexte que Lausanne et Genève deviennent l’épicentre du protestantisme francophone.