Dans les années 1840, le conflit entre progressistes et conservateurs s'approfondit à la faveur notamment de divergences sur le rôle et le pouvoir de l'Eglise catholique, spécialement de l'ordre des Jésuites.

Un incident va contribuer à mettre le feu aux poudres. En 1844, le canton de Lucerne décide de confier aux Jésuites l'enseignement secondaire dans le canton. La mesure est tout à fait conforme à la Constitution alors en vigueur mais elle va susciter la consternation dans plusieurs régions du pays. Le nouveau mouvement 'radical' y voit la confirmation de sa thèse selon laquelle le canton de Lucerne n'est que le prolongement de l'autorité papale et les radicaux vont tenter, sans succès, de renverser par la force le gouvernement de Lucerne.

En réaction au geste des radicaux, sept cantons conservateurs - Schwytz, Uri, Unterwald, Lucerne, Zoug, Fribourg et Valais – décident alors de créer secrètement ce que l'on appellera désormais le ' Sonderbund' (ou ligue séparée) visant, officiellement, à protéger leurs droits. Mais ils adressent aussi une demande de soutien à plusieurs gouvernements étrangers. C'en est trop pour les milieux libéraux qui exigent la dissolution immédiate du Sonderbund. Ce n'est toutefois qu'en 1847 qu'il y aura suffisamment de cantons 'progressistes' pour provoquer un renversement de majorité et pour décréter que la création du Sonderbund est une violation du Pacte fédéral.