Près de 80% des eaux potables et industrielles proviennent des sources d'eau souterraines. C'est dire si la protection de ces ressources revêt une importance particulière.

Depuis 2002, l'Office fédéral de l'environnement chapeaute un programme national d'observation des eaux souterraines qui s'appuie sur 50 stations de mesure réparties dans toute la Suisse.

Même si l'eau souterraine dans son ensemble est potable, les mesures ont révélé que de nombreuses sources sont contaminées aux nitrates, aux pesticides et aux hydrocarbures. La région densément peuplée du Plateau est particulièrement touchée.

L'agriculture intensive constitue la principale source de pollution aux nitrates. Les engrais organiques ou chimiques utilisés par les agriculteurs finissent parfois leur parcours dans les eaux souterraines, alors qu'ils devraient être retenus par les sols. C'est la raison pour laquelle une réglementation très stricte a été mise en place sur l'utilisation des engrais à proximité des cours d'eau et des sources.

La rupture de canaux d'égoûts et la fertilisation abusive des espaces verts en ville constituent également des dangers pour la qualité de l'eau.