Les cours d'eau qui naissent en Suisse arrosent l'Europe entière de la mer du Nord jusqu'à la mer Noire. En conséquence, La Suisse assume une responsabilité particulière pour prévenir la pollution des rivières.

Beaucoup a déjà et entrepris depuis la seconde moitié du 20e siècle. On a par exemple mis en place un réseau de canalisations d'égoûts qui récoltent les eaux usées pour les amener vers des stations d'épuration.

Le problème des engrais chimiques, en particulier des phosphates, qui s'accumulaient dans les lacs a été partiellement résolu. Il y a quelques dizaines d'années encore, les grands lacs suisses étaient si pollués que la baignade n'était plus possible. La présence excessive d'engrais et autres fertilisants organiques favorisait la croissance des algues, grosses consommatrices d'oxygène et conduisait à la mort d'une bonne partie de la faune et de la flore aquatiques.

En 1985, les phosphates ont été interdits comme additifs des lessives. Une règlementation stricte a également été mise en place pour l'utilisation de fertilisants agricoles aux abords des lacs. Si bien qu'aujourd'hui, il est à nouveau possible de se baigner dans les lacs du Plateau suisse.

Pourtant la partie n'est pas encore gagnée. Un nouveau problème est posé aujourd'hui par les micro-polluants, des substances qui ne peuvent pas être retenues par les stations d'épuration conventionnelles. Il proviennent essentiellement des résidus de médicaments. Leur effet à long terme sur la santé des lacs et sur la nôtre est encore mal connu.

Entre 1930 et 1960, des quantités non négligeables de munition périmée ont été immergées au fond de certains lacs suisse d'altitude profonds. Cette pratique controversée suscite aujourd'hui l'inquiétude du public. Selon les autorités, elle ne présente toutefois plus de dangers.