Certaines espèces animales qui avaient complètement disparu de Suisse font progressivement leur retour sur le territoire, tantôt au bénéfice de programmes de réintroduction chapeautés par des scientifiques, tantôt de leur propre gré en ignorant simplement les frontières nationales dans leurs migrations.

La réintroduction de certaines espèces, à l'instar du lynx, ne va toutefois pas sans controverses. Initié il y a une trentaine d'années, le programme de réintroduction a suscité une vive levée de boucliers de la part des bergers et chasseurs, qui craignaient tantôt pour leurs troupeaux, tantôt pour le gibier. Le programme visait essentiellement le nord est de la Suisse. Mais la plupart des lynx relâchés sont morts ou ont gagné la région alpine. Aujourd'hui ils sont environ une centaine dans le pays.

Nettement moins controversé, le retour du gypaète barbu a clos une période de 100 ans d'absence de ce grand rapace sur le territoire suisse. En 1991, on a relâché des oiseaux élevés en captivité dans le Parc national suisse, dans le cadre d'un programme de réintroduction à l'échelle européenne, qui avait débuté 5 ans plus tôt en Autriche. Même si plusieurs nichées ont vu le jour depuis lors, les effectifs restent faibles et ne sont pas encore en mesure d'assurer la survie de l'espèce.

La réintroduction du bouquetin en 1906 s'est quant à elle soldée par un succès incontestable, même si elle n'a pas été menée de manière scientifique. C'est en toute illégalité que les deux premières bêtes ont été introduite en Suisse depuis l'Italie. En effet, jaloux de son gibier de chasse, le roi d'Italie Victor Emmanuel II avait catégoriquement interdit de vendre ces animaux à la Suisse. 100 ans plus tard, la population de bouquetins suisses avoisine les 14'000 individus. Pourtant certaines colonies sont en stagnation, voire en régression. La consanguinité en est peut être la cause.

Enfin, deux grands carnivores ont également tout récemment fait leur retour en Suisse et leur péripéties ne cessent de faire la une des journaux tout en réveillant chez certains quelques craintes ancestrales. Le loup, dont le dernier spécimen avait été abattu en Suisse en 1871, est réapparu sous les traits de quelques individus isolés. Le premier a été observé en Valais en 1995.

En août 2005, un ours brun a pénétré dans une vallée du canton des Grisons, et il est rapidement devenu la coqueluche des médias. Sans doute peu alléché par les feux de la rampe, il a rapidement fait demi-tour pour regagner son Italie natale mais en septembre 2007, deux nouveaux individus ont été observés dans la même région. Le dernier ours suisse avait été abattu en 1904.