Beaucoup d'espèces en voie d'extinction sont confinées à des habitats très spécifiques. La protection de ces milieux en est d'autant plus importante. C'est la raison pour laquelle un certain nombre de sites exceptionnels du point de vue de leurs caractéristiques écologiques ont été placés sous la protection de l'Etat.

Le Parc national suisse, situé dans le canton des Grisons, a été institué en 1914. A l'époque, il s'agissait du premier parc national créé dans l'Arc alpin.

Etant donné la densité de la population et des activités agricoles, il est souvent difficile en Suisse de concilier les intérêts individuels avec les exigences de la conservation de la nature. A ce titre, le cas du Parc national suisse, où toute activité agricole est proscrite, fait figure d'exception plutôt que de règle.

Dans les parc naturels régionaux au contraire, les activités humaines sont tolérées jusqu'à un certain degré. Il en existe une bonne dizaine sur le territoire suisse et plusieurs nouveaux parcs sont prévus. Le plus grand d'entre eux, le Parc Ela dans les Grisons, a ouvert en juin 2006 et il couvre une surface de 600 km2.