Tandis que de nombreuses espèces indigènes sont menacées de disparition, le développement croissant de plantes et d'animaux exotiques sur le territoire suisse inquiète les spécialistes. Ces nouvelles espèces croissent bien souvent aux dépens des espèces indigènes et, dans certains cas, elles représentent même une menace pour la population humaine. Elles envahissent de manière aggressive l'habitat des espèces indigènes et importent souvent avec elles des maladies ou parasites inconnue de ces dernières.

Dans la plupart des cas, elles ont été introduites par l'homme de manière plus ou moins volontaire. Ainsi des plantes ont été importées à titre ornemental ou des animaux à titre d'élevage, et par la suite ces espèces ont réussi par des moyens détournés à regagner l'état sauvage. Dans d'autres cas, des espèces lointaines ont pu arriver en Suisse grâce aux transports ou simplement en s'agrippant aux habits de touristes distraits.

Le réchauffement climatique n'arrange évidemment rien à cette situation puisqu'il adapte peu à peu nos conditions climatiques à celles de l'environnement originel de ces plantes.

Parmi les plantes exotiques envahissantes, on peut citer la berce géante (heracleum mantegiazzianum), originaire du Caucase et d'Asie mineure. Sa sève peut causer de sévères brûlures à la peau et ses racines accélèrent l'érosion des bords de cours d'eau, dont elle apprécie le milieu humide. L'ambroisie à feuilles d'armoise (ambrosia artemisiifolia), vient quant à elle des Etats-Unis. Son pollen abondant peut être une cause de rhume des foins et même d'asthme.

Du côté des animaux, l'écureuil gris d'Amérique a commencé par coloniser la péninsule italienne à partir de 1948 et il est en passe de franchir les Alpes. Si aucune mesure n'est prise pour arrêter sa course, il va probablement supplanter l'écureuil roux indigène d'ici quelques dizaines d'années.

L'écrevisse signal de Californie, dont la chair est considérée comme supérieure à celle de sa cousine européenne, a été découverte à l'état sauvage en Suisse en 2001. Elle est porteuse d'un champignon très nocif pour l'espèce indigène. Le moustique-tigre, un propagateur de nombreux virus dangereux, a été observé pour la première fois en Suisse en 2003. On pense qu'il s'est introduit en Europe grâce au transport des pneus, dont il apprécie l'eau stagnante.