FFS Cargo SA es la empresa que se encarga del transporte de mercancías. En el 2003, FFS Cargo trasladó mercancías de casi 55 millones de toneladas. La oficina central de FFS Cargo está asentada en el norte de la ciudad de Basilea, un nudo importante para el trasbordo internacional de cargas entre Italia, los Estados del Benelux, la Alemania del Norte y los países escandinavos.

Un ejemplo para el trasbordo internacional de mercancías son las naranjas de Sicilia: FFS Cargo se encarga en Chiasso, ciudad situada en la frontera de Suiza con Italia, de los vagones de los ferrocarriles estatales italianos cargados con frutos cítricos, para dirigirlos luego a diferentes destinaciones en Suiza o a Basilea donde son expedidos a los ferrocarriles de carga alemanes.

Independientemente del tipo de mercancía transportada, la colaboración internacional hace más eficaz el transporte tanto para los clientes como para las compañías ferroviarias. Pero la colaboración no funciona sin la competición. A pesar de la estrecha colaboración de los FFS con los Ferrocarriles Alemanes (Deutsche Bahn), los ferrocarriles suizos rechazaron la propuesta de fusión hecha por parte de la compañía alemana porque temían por su independencia.

Mientras tanto, los FFS han contraído en el 2001 una alianza estratégica con una compañía ferroviaria privada alemana (HGK), y en junio de 2002 ambas compañías fundaron una empresa filial en Colonia (SRC) para coordinar el transporte de las mercancías pesadas de los puertos en el Mar del Norte a la ciudad de Basilea y de ahí a Italia. El objetivo de esta alianza no es de obstruir los negocios de la DB, sino de atraer a una nueva clientela decidida en transportar las mercancías por medio de las vías férreas en lugar de las carreteras.

Entretanto, también la compañía privada suiza BLS, que gestiona la línea importante a través del túnel de Lötschberg con destino a Italia, creó su propia filial de carga (BLS Cargo). En junio de 2002, el DB Cargo compró una participación del 20% del capital social de la empresa. FFS Cargo tiene, pues, un serio competidor tanto en la red suiza como en la alemana.

En lo que respecta la franja sur del país, FFS Cargo colaboró durante mucho tiempo con la compañía homóloga en Italia (FS Trenitalia Cargo) y tenía incluso planes para formar una compañía colectiva parecida a la HGK en Alemania. Sin embargo, el plan no se hizo realidad por problemas de puntualidad. FFS Cargo decidió entonces cambiar sus planes y fundar su propia empresa filial en Italia. Esta compañía sucursal competirá también en Italia con la BLS Cargo que a su vez posee participaciones (2,3% del capital) en una compañía privada en Italia denominada Ambrogio.

Con la introducción del nuevo horario en diciembre del 2004, el número de trenes de carga de FFS Cargo en Alemania se cuadruplicó, mientras que en Italia se quintuplicó incluso.