FFS Cargo SA es una sociedad filial de los FFS que se encarga del transporte ferroviario de mercancías en Suiza y en el extranjero. En 2007, FFS Cargo transportó mercancías por un volumen de 54 millones de toneladas. La sociedad tiene su sede en Basilea donde administra el Eurohub, un empalme importante para el trasbordo internacional de cargas entre Italia, los estados del Benelux, la Alemania septentrional y Escandinavia.

FFS Cargo está pasando por momentos difíciles. Ha tenido que superar dificultades estructurales y genera cifras rojas.

Expansión europea
En el pasado, FFS Cargo colaboró en las regiones fronterizas con otras compañías ferroviarias. Hoy es una empresa europea de transporte; sus locomotoras circulan en Alemania e Italia.

En junio de 2002, FFS Cargo fundó la filial alemana FFS Cargo Deutschland (FFSCD), que gestiona junto con la empresa matriz el tráfico de mercancías en el eje norte-sur, es decir, entre los puertos en la Alemania del norte e Italia.

Sólo seis meses más tarde se creó la filial italiana FFS Cargo Italia (FFSCI). La mayor parte de la materia prima llega a la Italia del norte donde tiene lugar el procesamiento ulterior, después del cual el material procesado y prefabricado es transportado por la vía férrea a los centros industriales de Europa.

En junio de 2007, FFS Cargo acordó con la compañía carguera francesa FRET SNCF una colaboración transfronteriza para el tráfico de mercancía entre Mulhouse y Buchs, en el cantón de San Gall cerca de la frontera con Austria.

Competencia
FFS Cargo, que opera sobre todo en las líneas de Lötschberg, Simplon y Gotardo, colabora estrechamente con la compañía ferroviaria alemana Deutsche Bahn (DB) en el transporte transalpino de mercancías. Gracias a esta colaboración, la compañía privada puede concentrar sus actividades sobre todo en las líneas transalpinas.

Debido a los problemas estructurales de FFS Cargo, algunos políticos pidieron la fusión de la empresa con la sociedad homóloga BLS Cargo; ésta, sin embargo, se opone hasta hoy a una fusión.