A pesar de esta demora al inicio, el entusiasmo por los ferrocarriles en Suiza fue creciendo. Pero ¿quién iba a ser responsable de la construcción de ferrocarriles en Suiza: la Confederación, los cantones o las compañías privadas? 

En el marco de la nueva Constitución federal de 1848 el nuevo Estado federal suizo no sólo empezó a centralizar los Correos (cuyos coches también servían para el transporte de viajeros), sino también a unificar y administrar la moneda, los pesos y las medidas. Era por tanto lógico que la Confederación se ocupase también de la construcción de las vías férreas.

El Gobierno emprendió entonces un nuevo intento para realizar sus planes. Contrató a dos ingleses, entre ellos el hijo del pionero del transporte ferroviario Robert Stephenson, para trazar una red ferroviaria en Suiza. Los ingleses propusieron construir una red férrea que se extendiera sobre todo a lo largo de los valles fluviales de la Planicie para evadir la construcción de puentes y túneles.

En este sistema ferroviario, la ciudad de Olten (situada entre Basilea y Berna) supuso el nudo central de las comunicaciones. Para ahorrar dinero, los ingleses propusieron integrar la red con el servicio de transbordadores en los lagos del Oeste, oponiéndose a la construcción de líneas ferroviarias transalpinas.

El plan de los ingleses recibió un rechazo tan contundente que el gobierno decidió dejarlo. En 1852 se confirió la responsabilidad para la construcción de las vías férreas a los cantones que a partir de entonces empezaron a otorgar concesiones de construcción a empresas privadas. El Estado federal sólo se reservó el derecho de supervisión e intervención planificadora.

Con este paso se desechó quizá la oportunidad de construir una red bien meditada para todo el país. Por otra parte, con el otorgamiento de concesiones se aceleró la construcción de raíles porque las sociedades privadas eran mucho más resueltas en sus decisiones, poseían más dinero y no reparaban en gastos para construir túneles o puentes ferroviarios.

En las siguientes tres décadas hasta 1882 se realizaron 2.500 kilómetros de carriles, incluido el túnel del Gotardo de 15 kilómetros. Gracias a los esfuerzos de las compañías privadas se llegó a enlazar las capitales del país, y eso a pesar de las sospechas iniciales que se tenía. Incluso zonas rurales fueron conectadas a la red, lo cual supuso un impulso muy importante para la economía agrícola.

En los años 1870, empresarios suizos empezaron a utilizar la nueva tecnología de las ruedas dentadas que hizo posible la construcción de ferrocarriles de cremallera que pueden subir grandes desniveles. Gracias a la red ferroviaria cada vez más densa, muchos viajeros pudieron utilizar estos nuevos ferrocarriles para acceder con más facilidad a los destinos turísticos en la montaña.

Pronto se constató que las vías férreas eran de una importancia considerable para el desarrollo económico del país. Por eso había cada vez más gente que compartía la idea de someter las líneas ferroviarias bajo el control del Estado. Con el tiempo se fue considerando el transporte ferroviario como un servicio público tan importante como las escuelas, las carreteras y los hospitales públicos.

Los ingresos procedentes de la explotación ferroviaria no bastaban para el mantenimiento del servicio. Por eso, desde el comienzo, numerosos cantones y municipios participaron en los gastos de la construcción y mantenimiento de los raíles. A algunos Ayuntamientos le salió muy cara su inversión: la ciudad de Wintherthur por ejemplo, que había invertido mucho dinero en los ferrocarriles en los años 1870, necesitó décadas para pagar sus deudas de esta aventura económica, y no llegó a liquidarlas hasta los años 1950.

El gobierno federal siempre disponía del derecho de veto sobre las concesiones otorgadas por los cantones a las empresas privadas, y con el tiempo consiguió reunir el poder sobre el desarrollo de las líneas ferroviarias. En 1872, se aprobó una nueva ley de ferrocarriles que reservó el derecho al otorgamiento de concesiones a compañías privadas únicamente a las autoridades federales que empezaron desde entonces a tomar un rol activo en la determinación de horarios, precios e inversiones.

Los defensores de un sistema ferroviario centralizado se esperaban de la centralización la reducción de empleos y, por consiguiente, el ahorro de gastos, con lo cual se llegaría a reunir más fondos públicos para la posterior inversión en la construcción de nuevas líneas.

El gobierno, consciente de la importancia estratégica de la red ferroviaria, estaba preocupado por el creciente número de accionistas extranjeros en las compañías privadas. Por eso empezó a comprar todas las existencias con el objetivo de la adquisición total de las empresas privadas.

Los promotores de una red ferroviaria federal trataban de despertar sentimientos patrióticos cuando se sometió a referéndum la nacionalización de los ferrocarriles en 1898. El eslogan «Los ferrocarriles suizos para el pueblo suizo» consiguió su objetivo, el electorado suizo aprobó el referéndum con una mayoría de dos tercios de los votantes.

Una nueva era empezó el 1 de enero de 1902 cuando el primer tren de los nuevos Ferrocarriles Federales Suizos hizo su entrada solemne en la estación de Berna, decorado con guirnaldas y banderas y la cruz blanca de Suiza colocada en la delantera de la locomotora.