A pesar de esta demora al inicio, el entusiasmo por los ferrocarriles en Suiza fue creciendo. Pero ¿quién iba a ser responsable de la construcción de ferrocarriles en Suiza: la Confederación, los cantones o las compañías privadas?

En el marco de la nueva Constitución federal de 1848, el nuevo Estado federal suizo no sólo empezó a centralizar los Correos (cuyos coches también se ocupaban del transporte de viajeros), sino también a unificar y administrar la moneda, los pesos y las medidas. Era por tanto lógico que la Confederación se ocupase también de la construcción de las vías férreas.

El gobierno emprendió entonces un nuevo intento para realizar sus planes. Contrató a dos ingleses, entre ellos el hijo del pionero del transporte ferroviario, Robert Stephenson, para trazar una red ferroviaria en Suiza. Los ingleses propusieron construir una red férrea que se extendiera sobre todo a lo largo de los valles fluviales de la Planicie para evadir la construcción costosa de puentes y túneles.

En este sistema ferroviario, la ciudad de Olten (situada entre Basilea y Berna) representaba el nudo central de las comunicaciones. Para ahorrar dinero, los ingleses propusieron integrar en la red el servicio de transbordadores en los lagos del oeste y se opusieron a la construcción de líneas ferroviarias transalpinas.

El plan de los ingleses recibió un rechazo tan rotundo que el gobierno decidió dejarlo. En 1852 se confirió la responsabilidad para la construcción de las vías férreas a los cantones que a partir de entonces empezaron a otorgar concesiones a empresas privadas. El Estado federal sólo se reservó el derecho a supervisar e intervenir en el proceso planificador.

Con este paso se desaprovechó tal vez la ocasión de construir una red nacional bien planificada. Por otro lado, con las concesiones se aceleró la construcción de raíles porque las sociedades privadas eran mucho más resueltas en sus decisiones, poseían más dinero y no reparaban en gastos para construir túneles o puentes ferroviarios.

En las siguientes tres décadas hasta 1882 se realizaron 2.500 kilómetros de carriles, el túnel del Gotardo de 15 kilómetros incluido. Gracias a los esfuerzos de las compañías privadas, se lograron enlazar las capitales del país, a pesar de las sospechas que se tenía al principio. Incluso zonas rurales se conectaron a la red, lo cual supuso un impulso muy importante para la economía agraria.

En los años 1870, empresarios suizos empezaron a utilizar la nueva tecnología de las ruedas dentadas que posibilitó la construcción de ferrocarriles de cremallera que pueden superar grandes desniveles. Gracias a la red ferroviaria cada vez más densa, muchos viajeros pudieron utilizar esos nuevos ferrocarriles para acceder con más facilidad a los destinos turísticos en la montaña.

Pronto se vio que las vías férreas eran muy importantes para el desarrollo económico del país. En estas circunstancias, se impuso en la opinión pública cada vez más la idea de someter las líneas ferroviarias bajo el control del Estado. El transporte ferroviario se consideró como un servicio público tan importante como la enseñanza, las carreteras y los hospitales públicos.

Los ingresos procedentes de la explotación ferroviaria no bastaban para el mantenimiento del servicio. Por eso, desde el comienzo, numerosos cantones y municipios participaron en los gastos para la construcción y el mantenimiento de los raíles. A algunos Ayuntamientos les salió muy cara la inversión: la ciudad de Wintherthur, por ejemplo, que había invertido mucho dinero en los ferrocarriles en los años 1870, necesitó décadas para pagar sus deudas y no llegó a liquidarlas hasta en los años 1950.

El gobierno federal siempre disponía del derecho de veto sobre las concesiones otorgadas por los cantones a las empresas privadas, y con el tiempo consiguió reunir el poder sobre el desarrollo de las líneas ferroviarias. En 1872, se aprobó una nueva ley de ferrocarriles que reservó el derecho de concesiones a compañías privadas únicamente a las autoridades federales que empezaron desde entonces a tomar un papel activo en la determinación de horarios, precios e inversiones.

Los defensores de un sistema ferroviario federal se esperaban de la centralización una reducción de empleos y, por consiguiente, el ahorro de gastos, pudiendo así reunir más fondos públicos para la inversión en la construcción de nuevas líneas.

El gobierno, consciente de la importancia estratégica de la red ferroviaria, estaba preocupado por la creciente participación de accionistas extranjeros en las compañías privadas. Por eso empezó a comprar todas las existencias con el objetivo de comprar todas las empresas privadas.

Los promotores de una red ferroviaria federal trataban de despertar sentimientos patrióticos cuando se sometió a referéndum la nacionalización de los ferrocarriles en 1898. El eslogan «Los ferrocarriles suizos para el pueblo suizo» consiguió su objetivo, el electorado suizo aprobó el referéndum con una mayoría de dos tercios de los votantes.

Una nueva era empezó el 1 de enero de 1902 cuando el primer tren de los nuevos Ferrocarriles Federales Suizos hizo su entrada solemne en la estación de Berna, decorado con guirnaldas y banderas y la cruz blanca de Suiza al frente de la locomotora.