Dos importantes figuras históricas, que han marcado dos corrientes esenciales de la Reforma europea, cimentaron sus regímenes teocráticos en territorio suizo. Se trata de los teólogos Ulrico Zwinglio (1484-1531) y Juan Calvino (1509-1564), junto con Martín Lutero (1486-1546), los reformadores clave en el proceso de confesionalización del Occidente cristiano.

La ciudad de Zúrich fue, en un principio, el campo de acción de Zwinglio, el de Calvino fue Ginebra. Ambos tuvieron una amplia repercusión, sobre todo en la Europa germano-parlante, pero también en Francia, Holanda y Escocia.

En Suiza, las nuevas creencias reformadoras fueron mejor recibidas por la población de las urbes y algunas comarcas rurales bien acomodadas. Ginebra, donde Calvino erigió su "república teocrática", fue en aquel entonces el centro del ala radical de la Reforma (Calvinismo) y un refugio para todos los cristianos perseguidos por creer en esas nuevas doctrinas teológicas del Protestantismo. Los refugiados, que fueron acogidos en Ginebra, contribuyeron mucho al desarrollo económico e intelectual de esa ciudad en la efusión del Lago Léman.

La ética protestante tuvo gran influencia en la génesis de la Suiza moderna. El sistema de valores propugnado por los cismáticos (sobre todo por el Calvinismo y el Zwinglianismo) no sólo transformó la religiosidad y las prácticas devotas de los feligreses, también cambió la conducta diaria, la sociabilidad, el orden social y el pensamiento político de los creyentes.

En su lucha antipapista contra el negocio de bulas pontificias de la Iglesia Católica, los sacerdotes reformistas cotejaron a la visión católica de la salvación su propio plan para conseguir la bienaventuranza eterna. Ésta se podía alcanzar mediante una vida piadosa y, sobre todo, una vida activa, muy aplicada y laboriosa en beneficio de la utilidad pública. Éste último es, sin duda, el rasgo más característico y conocido de todas las corrientes del Protestantismo.

Después de la derrota de los Cantones católicos en la guerra civil de 1847/48 (guerra de la Liga separatista) –cuya índole fue más bien la de un conflicto armado que de una verdadera guerra, puesto que hubo un total de 98 víctimas y 493 heridos–, el liberalismo protestante triunfó con la elaboración de la Constitución Federal de 1848, que fue –junto con el Estatuto representativo del Piamonte (Italia)– la única constitución europea que sobrevivió las Revoluciones del '48.

Esa constitución hizo de la floja unión de cantones un Estado federal con más competencias para el gobierno central. La reforma constitucional implicó la abolición de las últimas restricciones del comercio interior y la instauración de la moneda unitaria en todo el país.