En Suiza nacen algunos de los ríos más grandes de Europa. La prevención de la contaminación de las aguas corrientes suizas es por eso de particular importancia para el continente.

En la segunda mitad del siglo XX se ha hecho mucho para mejorar la calidad de las aguas. Las medidas más efectivas han sido la construcción de tubos de desagüe y de plantas depuradoras de aguas residuales.

El problema de los nutrientes químicos que contaminan los lagos ha sido resuelto en parte. La mayor culpa para la contaminación lacustre recae sobre los aditivos fosfáticos en detergentes. Éstos fueron prohibidos en los detergentes en 1985, pero todavía están permitidos en lavavajillas.

Otra fuente de contaminación es el estiércol. Estos nutrientes favorecen el crecimiento de las algas, y éstas a su vez provocan la desoxigenación y la muerte de plantas y animales en los lagos. El estiércol afecta sobre todo a lagos pequeños, pero también en los Lagos de Zug y de Ginebra supone un problema.

No obstante, un problema aún más difícil de resolver son los microcontaminantes que las plantas depuradoras no pueden disolver. Microcontaminantes pueden ser por ejemplo residuos farmacéuticos. Todavía se desconocen los efectos que pueden causar esas sustancias a largo plazo.

La controvertida descarga de la vieja munición en algunos de los lagos más profundos en Suiza en los años 1930 hasta la década de los 1960 ha suscitado la preocupación de la población, pero las respectivas autoridades locales están convencidos que no presentan ningún riesgo.

Las poblaciones de peces han sufrido un retroceso continuo durante muchos años. Hay que censurar la acumulación de distintos factores: la merma del hábitat, la contaminación, el aumento de las enfermedades infecciosas y la subida de las temperaturas de las aguas.

Una ocurrencia alarmante se produjo en el año 2000, cuando se encontraron grandes existencias de corégonos blancos en el Lago de Thun con anormalidades en los órganos sexuales cuya causa aún se desconoce.