A pesar de los éxitos iniciales de la Reforma en las regiones más poderosas y populosas de la Confederación Helvética, los católicos empezaron a movilizar sus fuerzas para un contraataque.

Las autoridades seglares en las zonas católicas se apropiaron y desempeñaban cada vez más el papel de los potentados eclesiásticos, adjudicándose derechos abadengos u obispales como la administración de justicia, el control de la hacienda y, en algunos casos, incluso la asignación de curas.

Siguiendo de cerca el fuerte aumento del interés por la lectura de la Biblia y la erudición teológica entre los protestantes, muchos católicos empezaron a imitarlos, iniciando programas de instrucción teológico-canónicas propugnados por los jesuitas.

Una de las contribuciones más grandes de los católicos a la renovación de la vieja fe en Suiza fue la obra del cardinal Carlos Borromeo (1538-1584). Entre otras muchas cosas estableció el Colegio Helvético en Milán en 1579 para la enseñanza de la clerecía suiza. Borromeo fue canonizado en 1610, y fue, a partir de ahí, el nombrado Santo Patrono de la Suiza católica (más tarde también de Monterrey en California).

Los católicos aun hicieron algunas conquistas territoriales en el terreno de batalla. Algunos señoríos comunes retornaron al catolicismo después de la derrota zuriquense en 1531. En 1567 Berna devolvió el País de Gex y Chablais a Saboya, con lo cual cambiaron de creencia, regresando al catolicismo, como algunos de los demás territorios recuperados por el Obispo de Basilea en 1581. Después de la intervención de los cantones católicos, también el Valais abandonó paulatinamente la religión reformadora.

Por otra parte, muchas regiones permanecieron firmes en su posición reformista a pesar de las presiones ejercidas por los contrarios. Estas regiones incluían al Toggenburgo, que siguió siendo fiel al protestantismo pese a su pertenencia al monasterio de San Gall. Cantones en donde cada parroquia tenía la facultad de elegir su propia fe permanecieron biconfesionales, como Glaris, o bien se dividieron en dos semicantones, como ocurrió por ejemplo en Appenzell en 1597, que se escindió en dos subcantones: Appenzell Rodas Interiores (católico) y Appenzell Rodas Exteriores (protestante).