El siglo XVI fue una centuria de rebeliones y levantamientos en toda Europa occidental, y eso sobre todo gracias a un movimiento que pretendía reformar la tradicional Iglesia católico-romana y acabó escindiendo la Cristiandad en dos campos irreconciliables ya que los protestantes rechazaban la autoridad del Papa.

A pesar de que el movimiento reformatorio fue ostensiblemente un movimiento religioso, reflejaba también las profundas tensiones subyacentes en las estructuras sociales. En Suiza, como en muchas otras partes, la Reforma fue acompañada por disturbios y destrucciones. Los seguidores de la Reforma destrozaban por toda Europa las estatuas e imágenes «idólatras» en las iglesias y echaron de los monasterios a frailes y monjas que en la mayoría de los casos ya no volverían.

Ahora bien, el descontentamiento se mostraba más allá de las manifestaciones patentes de rebeldía y de rechazo hacia la Iglesia tradicional, puesto que se llegó incluso a cuestionar la vigencia de las estructuras fundamentales de la sociedad estamental. Movimientos «extremistas» del protestantismo como los anabaptistas, que encontraban sus más fieles seguidores en las zonas rurales y que requerían, entre otras cosas, la abolición de rentas y diezmos, fueron reprimidos a la fuerza por la corriente dominante del protestantismo.

Debates teológicos dieron inicio a una serie de tratados y discusiones sobre el concepto de la tolerancia. Ginebra optó por una postura autoritaria, encarcelando, expulsando o incluso quemando a los protestantes que no coincidían con el dictamen oficial de los teólogos. Basilea, en cambio, se convirtió en un centro de la liberalidad intelectual.