Como ocurrió en muchas otras partes en Europa, la Reforma sumergió a Suiza en las guerras religiosas de aquel entonces. Algunas áreas permanecieron fieles a la vieja fe cristiana y al Papa, mientras que otras apoyaban la Reforma.

Zúrich adoptó oficialmente las doctrinas de la Reforma en 1525; fue el primer cantón suizo que se asoció al protestantismo. El ideario zwingliano era de gran atractivo para el vecindario de las más prósperas urbes suizas. Exceptuando a Soleura y Friburgo, todas las ciudades suizas se unieron a la nueva creencia.

En contrapartida, el reformador zuriquense no encontró casi ningún apoyo en la población (mayoritariamente iletrada) en las zonas rurales de la Suiza Central –no sólo por razones religiosas, sino también porque desconfiaban de la prepotencia de Zúrich–.

Para los cantones era imposible llegar a un acuerdo en materias de religión. Los cantones reformados hicieron una alianza entre sí, mientras los cantones católicos, quebrando el juramento promisorio de la Confederación, se unieron con el archiduque Federico de Austria.

Zwinglio quería divulgar su doctrina por toda Suiza, pero los demás cantones protestantes no mostraron la voluntad de unirse a su declaración de guerra contra la fracción católica. Su primer intento bélico se frustró con la instauración de una tregua en 1529, y cuando se reanudaron las hostilidades en 1531, las fuerzas católicas, numéricamente superiores a las protestantes, aplastaron al ejército zuriquense en la segunda guerra de Kappel, en la cual Zwinglio encontró la muerte.

En el tratado de paz que se estableció a continuación, la alianza reformadora fue disuelta. No obstante, ambos contrincantes consintieron en respetar en lo sucesivo la opinión religiosa del otro.