Las actividades de Calvino en Ginebra tuvieron un impacto duradero, y no sólo en la ciudad sino en todo Occidente. Su intento de establecer un régimen teocrático no dejó a nadie indiferente, ya fuera que loaban, ya bien que ridiculizaban a Ginebra con el apodo «Hierápolis», la ciudad santa.

El regimiento ginebrino se transformó bajo la regencia de Calvino, y no sólo porque introdujo otro modelo de convivencia social, sino también por la gran afluencia de refugiados religiosos que habían huido de países como Francia, Italia, Países Bajos e Inglaterra.

Estos inmigrantes tendían a respaldar a Calvino, y por consiguiente causaron resentimientos entre muchos naturales de la ciudad que recelaban del poder y la influencia que ejercían los intrusos.

Sin embargo, en 1555, un alzamiento del pueblo contra los protestantes asilados fue reprimido, lo cual dio más estabilidad al régimen impuesto por Calvino.

Algunos discípulos prometedores fueron instruidos para el ministerio para que divulgaran las doctrinas de Calvino. Uno de sus seguidores más importantes era John Knox, el fundador de la Iglesia Escocesa.

Gracias al hecho de que muchos de los refugiados eran impresores y editores de profesión, se logró intensificar la propagación de la nueva creencia por medio de textos bíblicos y tratados teológicos. La nueva academia fundada en 1559 llamó la atención de muchos estudiantes europeos que ingresaron en ella para recibir una de las mejores instrucciones reformatorias.

La afluencia de gente que huyó de la persecución religiosa coadyuvó al fomento de obras públicas instituidas por artesanos adinerados, banqueros o mercaderes extranjeros que deseaban donar algo perdurable a la ciudad.

Uno de los adversarios más implacables de Ginebra era la Casa de Saboya que todavía poseía derechos territoriales sobre la ciudad.

En 1602, el Duque Carlos-Emanuel I de Saboya hizo un último esfuerzo para recuperar Ginebra, pero un ataque nocturno se frustró por la alerta ciudadana. El episodio de los saboyanos es conocido en Ginebra bajo la designación Escalada, porque las tropas saboyanas utilizaban escaleras de mano para superar la muralla.

En la tregua de San Julián firmada en 1603 Saboya renunció a todos los derechos sobre la ciudad.