Los franceses disolvieron todos los gobiernos locales y cantonales existentes, abolieron las constituciones y empezaron a reestructurar la configuración político-administrativa del territorio.

Hubo mucha gente que batía palmas a favor de los franceses, porque esperaban que la nueva república, además de abolir el Antiguo Régimen, iba a garantizar una mayor equiparación de derechos y un reparto social más igualitario del poder.

Fueron esperanzas que cundían sobre todo en los territorios sujetos. Muchos otros, sin embargo, vieron desvanecer sus expectativas políticas, sobre todo el deseo por mantener el sistema federativo, cuando los ocupantes extranjeros empezaron a implantar un régimen centralizado.

Los ejércitos de Francia, respaldados por revolucionarios suizos, esbozaron una constitución para una nueva República Helvética centralizada, que fue aprobada en abril de 1798.

La vieja distinción entre plenos cantones, países sometidos y bailíos comunes se eclipsó y las circunscripciones administrativas se reorganizaron sin respetar los derechos históricos. La débil Dieta de la Confederación fue sustituida por un sistema bicameral con diputados de elección directa y un gobierno constituido por un directorio con cinco miembros, inspirado en el directorio francés de 1795.

Aunque la gobernación estaba depositada en manos de directores suizos, el país tuvo que aceptar cierto número de medidas no muy populares impuestas por los ocupantes. Estas incluían la acomodación y el abastecimiento de las tropas francesas en territorio suizo, a espaldas del común, y la concesión a las fuerzas militares de utilizar las rutas transalpinas para el destacamento y el movimiento de tropas.

Suiza también fue cohibida a aceptar un tratado de alianza con Francia que rompió con la vieja tradición de la neutralidad helvética.