La Revolución Francesa propagó nuevas y radicales ideas de libertad, fraternidad e igualdad. En muchas partes en Suiza, estas ideas recibieron una acogida muy entusiástica, sobre todo en los territorios sujetos, donde hubo algunas agitaciones esporádicas contra las autoridades en los primeros años de la década de 1790.

No obstante, los profundos cambios socioeconómicos provenientes de Francia no lograron imponerse en Suiza hasta 1797.

En aquella época, Francia buscaba ansiosamente el establecimiento de estados satélites en los países vecinos como baluarte contra las monarquías europeas, que querían restaurar el viejo orden. Como país vecino, Suiza se vio, desde luego, implicada en la política expansionista francesa.

Francia conquistó primero algunas regiones periféricas asociadas a la Confederación: parte del obispado de Basilea fue anexada a Francia en 1793, y en 1797, Napoleón incorporó la Veltelina, uno de los territorios sujetos de los Grisones, en la República Cisalpina que acababa de constituir.

En enero de 1798, el Cantón de Vaud, liderado por Frédéric César de la Harpe, pidió ayuda militar a Francia para expulsar a los reaccionarios de Berna que los gobernaban. Esto fue el pretexto que Francia necesitaba para invadir la Confederación. Berna fue el único cantón que realmente organizó un ejército para resistir a los invasores, pero después de algunos éxitos episódicos al inicio, las tropas sufrieron una derrota definitiva en marzo del mismo año en la Batalla de Grauholz.

La caída de Berna marcó el punto inicial de la decadencia de la Antigua Confederación.