De 1798 a 1815, el Estado suizo sufrió varias transformaciones constitucionales y territoriales, algunas veces como consecuencia de la actuación política, otras, como resultado de las guerras.

En 1798, Ginebra y Mulhouse, ciudades aliadas de Suiza, fueron anexadas por Francia. Y en 1802, el Valais fue separado de la República Helvética, manteniendo su independencia por algunos años, pero en 1810 fue incorporado nuevamente por Napoleón en el Estado francés como Departamento de Simplón. Con el Valais, Francia tenía en su posesión dos importantes pasos –el de Simplón y el del Gran San Bernardo–, por virtud de los cuales ya no necesitaban pedir a los suizos el derecho de tránsito para el despliegue de sus tropas.

Suiza también obtuvo algunas ganancias territoriales: se apoderó por ejemplo del Valle de Frick (antes de Austria) en la orilla izquierda del Rhin al este de Basilea. El valle había sido invadido por los franceses en 1799, formando más tarde (1802) parte de la República Helvética como cantón separado. Pero este arreglo político fue de corta duración. En cualquier caso, con la aprobación del Acta de Mediación, ingresó en el nuevo Cantón de Argovia, del que todavía forma parte.

Los Grisones experimentaron varios vaivenes: entre 1799 y 1800, franceses y austríacos se disputaban el control sobre el país rético. Los franceses salieron victoriosos del combate, y en 1801, Napoleón decretó su incorporación como decimosexto cantón en la República Helvética, años después de haber desmembrado sus dependencias en el sur para integrarlos en la nueva República Cisalpina (1797).