El hecho de que la Confederación consiguiera evitar una fisura irreparable a lo largo de sus confines religiosos durante la larga guerra, no significaba que sus miembros habían resuelto sus propios enfrentamientos en el interior. La división relativa al culto provocó dos guerras en menos de sesenta años.

Estas guerras son la primera y la segunda guerra de Villmergen, denominación que se debe a la localidad del mismo nombre ubicada en el actual cantón de Argovia, donde se esgrimió la batalla final en ambas guerras.

La primera guerra en 1656 resultó del –al fin y al cabo fracasado– intento de Zúrich de mejorar las condiciones de los protestantes en las áreas controladas por los católicos.

La segunda guerra en 1712 se siguió de una disputa entre la población reformadora del Toggenburgo y el monasterio católico de San Gall sobre la construcción de una carretera que enlazaba los cantones de la Suiza central con los territorios altoalemanes. Zúrich y Berna apoyaban a los de Toggenburgo y triunfaron finalmente sobre los contrarios católicos.

El subsiguiente tratado de paz alteró sustancialmente el equilibrio de poder entre los cantones católicos y los reformados; los primeros perdieron entonces su predominio sobre los últimos.