La suerte se volvió contra Napoleón tras su derrota histórica en 1812 en su campaña rusa, y los aliados –liderados por Austria– trabajaron arduamente para conminar la influencia francesa en Suiza.

La idiosincrasia suiza no compaginaba con el centralismo francés. Las autoridades suizas prerrevolucionarias tornaron al poder a fines del año 1813, y las antiguas constituciones cantonales con sus desigualdades sociopolíticas fueron restauradas.

Pero a pesar de ello, los nuevos cantones fundados por Napoleón lograron salvar sus derechos de autogobierno, resistiendo a las reivindicaciones de restitución por parte de los antiguos dominios rectores que los tenían sojuzgados antes de 1798. Así se mantuvo la autonomía de los cantones, pero se afirmó a la vez el principio de la paridad intercantonal. Todos los cantones tenían ahora plenos derechos jurisdiccionales.

Bajo los auspicios de la nueva Acta federal firmada en agosto de 1815, los cantones recuperaron su soberanía en casi todos los asuntos, excepto en lo que se refería a relaciones internacionales.

Valais, Neucastel y Ginebra se unieron a la Confederación Suiza en 1815. Los territorios del obispado de Basilea –concentrados en el Jurá– fueron apartados de Francia e incorporados al cantón de Berna. Esta fue la última permutación significante de las fronteras suizas hasta hoy.