La oposición entre cantones conservativos (defensores del federalismo) y cantones progresivos (partidarios del centralismo) se hizo sentir cada vez con mayor ímpetu en los años 1840. En las disputas entre uno y otro bando, el rol y el poder de la Iglesia católica se convirtió en un factor cada vez más decisivo, particularmente con la aparición en escena de los jesuitas.

En 1844, Lucerna provocó consternación entre las fuerzas progresivas al invitar a los jesuitas a colaborar en la gestión y administración del sistema escolar superior. Constitucionalmente esta decisión de colaborar con los jesuitas era una operación perfectamente legal, pero los radicales desconfiaban de esta mudanza porque temían la influencia del Papa, y algunos sectores liberales intentaron incluso, aunque sin éxito, derrocar al gobierno de Lucerna.

En respuesta de esta tentativa de derribamiento del poder establecido, los siete cantones católicos –Schwyz, Uri, Unterwald, Lucerna, Zug, Friburgo y el Valais– formaron el llamado «Sonderbund», una liga separada fundada en secreto para proteger sus atávicos derechos y libertades; llegando incluso a la precavida intención de demandar la ayuda de países extranjeros para que los apoyaran en su lucha contra los cantones liberales.

Cuando la existencia de esta liga separatista de los cantones católicos salió a la luz en 1845, los liberales exigieron unánimemente su disolución inmediata. Sin embargo, tuvieron que esperar hasta 1847 a que se vertieran los votos a favor de su proposición en la Dieta confederal. Entonces, la Dieta declaró que la liga segregacionista suponía una violación del Pacto federal.