A Suiza se le considera el depósito acuífero más grande en Europa. Su territorio conserva un 6 por ciento del total de los recursos de agua dulce de toda Europa. Tres de los ríos europeos más importantes nacen aquí: el Rhin, el Inn y el Ródano. Desembocan en tres mares distintos: en el Mar del Norte, el Mar Negro y el Mediterráneo.

Las Cataratas del Rhin, algunos kilómetros río abajo de Escafusa, son las más grandes de Europa; poseen una anchura de 150 metros y una altura de 25 metros.

Además, Suiza posee más de 1.500 lagos. Los dos más grandes, el de Constanza y el de Ginebra, hacen frontera con los países colindantes. El Lago de Ginebra o Lago Lemán hace frontera con Francia, y el Lago de Constanza con Austria y Alemania. El Lago Lemán, que se encuentra en la cuenca del Ródano, es el depósito de agua potable más grande de Europa Central.

Con una superficie de 218,4 km² el lago más grande enteramente situado en territorio helvético es el de Neucastel. Pero el lago más famoso es el Lago de los Cuatro Cantones en la Suiza central; su superficie abarca 113,7 km².