El aeropuerto más grande se encuentra en Kloten, en las afueras de Zúrich. Es el único de los grandes aeropuertos de tráfico civil que se extiende por completo en territorio suizo. Kloten también se encarga de tres cuartas partes de la carga aérea nacional.

Los aeropuertos de Ginebra (Cointrin) y Basilea-Mulhouse (Euroairport) se extienden parcialmente (en el caso de Ginebra) o incluso íntegramente (Basilea) en territorio francés. El terminal sur del aeropuerto de Basilea-Mulhouse se construyó en territorio suizo.

Hay otros aeropuertos internacionales en Berna y Lugano, pero son de menor importancia. Cubren sólo líneas a destinaciones cercanas en Europa. Asimismo, muchos aeródromos civiles están esparcidos por todo el país. El aeródromo más alto de Europa se encuentra en Samedan, cerca de San Moritz (Grisones), a una altitud de 1.707 metros sobre el nivel del mar. 

Compañía aérea nacional

La compañía aérea nacional suiza Swiss ha sido integrada en la compañía alemana Lufthansa en 2005 después de haber pasado por dificultades financieras. Fue fundada en 2002, tras la insolvencia de su predecesora Swissair que se vio obligada a fusionarse con la compañía más pequeña Crossair.

Aviación comercial

Como muchos otros países europeos, Suiza fue muy lenta en familiarizarse con la idea de la aviación combinada. De todas formas, hay cada vez más aviones registrados. Sólo las compañías más grandes poseen su propia flota aérea; la mayor parte de las líneas se sirven de las compañías de taxi aéreo.

En 2002 había alrededor de 100 aviones comerciales registrados en Suiza, lo cual equivale a un avión por cada 70.000 habitantes. En Alemania y en Francia las cifras equivalentes sólo alcanzan valores de 400.000 y 500.000 respectivamente. En Ginebra se celebra la única exhibición anual europea dedicada exclusivamente a la aviación comercial.