Die Position als Wasserschloss Europas verpflichtet die Schweiz zu besonderen Anstrengungen im Gewässerschutz.

Die wichtigsten Wasserspeicher sind die Seen. Sie enthalten mehr als die Hälfte des Schweizer Wassers. Eine bedeutende Rolle im Wasserhaushalt spielen aber auch die Firne und Gletscher, in denen 26% der Wasservorräte gebunden sind.

Bereits in den 1970er-Jahren waren die Schweizer Seen einigermassen sauber, zum Teil aber hoffnungslos überdüngt mit Phosphaten. Die unerwünschten Pflanzennährstoffe stammten hauptsächlich aus Waschmitteln. Das Verbot der Phosphate als Waschmittelzusätze und die Nachrüstung der Kläranlagen halfen, das Phosphat-Problem zu lösen.

Heute sind die Phosphatgehalte nur noch in wenigen Seen kritisch. Problematisch sind heute Substanzen, welche in den Gewässern nur in geringen Dosen nachweisbar sind, aber hohe biologische Wirkung entfalten können, wie zum Beispiel Pestizide und Arzneimittel. Sie haben teilweise auch hormonähnliche Wirkung.

Auch in modernsten Kläranlagen werden diese Substanzen nicht oder nur teilweise abgebaut, die Abwasser-Reinigungstechnik stösst hier an Grenzen.

Diese Mikroverunreinigungen stehen im Verdacht, am dramatischen Rückgang mancher Fischbestände beteiligt zu sein. Trotz spürbarer Erfolge im Gewässerschutz gehören die Fische in der Schweiz zu den am stärksten bedrohten Tieren.

Auch der Klimawandel wirkt sich auf die Gewässerökosysteme aus, viele Fische haben Probleme mit den gestiegenen Wassertemperaturen der Flüsse. Hinzu kommt, dass manche Flüsse und Bäche durch elektrizitätswirtschaftliche Nutzung beeinträchtigt sind. Die tageszeitlichen Abflussschwankungen haben ebenfalls Auswirkungen auf die Gewässerfauna.