Bis im 19. Jahrhundert kannten die Eidgenossen keine gemeinsame Fahne. Auf ihren Feldzügen trugen die Soldaten die Banner ihrer Kantone mit. Seit der Schlacht bei Laupen 1339 befestigten sie als gemeinsames Erkennungszeichen weisse Kreuze auf Kleidern und Rüstungen.

Die erste Vorgängerin der heutigen Schweizer Flagge - rote Flagge oder rote Flagge mit weissem Kreuz - diente Spezialtruppen, die sich aus Mitgliedern verschiedener Kantone zusammen setzten, als Erkennungszeichen.

Während der Helvetik (1798-1803) verbot Napoleon den Eidgenossen das Tragen des Kreuzes und zwang ihnen eine Trikolore in den Farben grün, rot und gelb auf. Nach 1803 wurde die Trikolore jedoch wieder abgeschafft und durch die alten Erkennungszeichen (weisses Kreuz auf Kantonsbanner) ersetzt.

1815 wurden die ersten eidgenössischen Bataillonsfahnen mit Schweizer Kreuz geschaffen. Wegen der föderalistischen Stimmung zu Beginn des 19. Jahrhunderts hatte dieses gemeineidgenössische Symbol jedoch einen schweren Stand. Die Truppen zogen es weiterhin vor, in uneinheitlichen, kantonsspezifischen Uniformen aufzutreten und als Zugeständnis an den gemeinsamen Staat lediglich eine rote Armbinde mit weissem Kreuz zu tragen.

Durchsetzen konnte sich die Schweizer Fahne erst im so genannten Sonderbundskrieg 1847. Dieser Konflikt war eigentlich ein Kampf zwischen traditionellen Werten und lokaler Selbstbestimmung auf der einen Seite sowie dem Streben nach Modernisierung der Gesellschaft und Zentralisierung des Staates auf der anderen Seite. Mit dem Sieg der zentralistisch eingestellten Kantone konnte sich die Schweizer Fahne als nationales Symbol schliesslich durchsetzen. In Anlehnung an die Bataillonsfahnen, auf welche die ersten Schweizer Kreuze geheftet worden waren, war auch die Schweizer Nationalflagge quadratisch.

Der ausgeprägte Schweizer Kantonsgeist ist manchmal auch heute noch anhand der Fahnenwahl erkennbar: so haben zum Beispiel an den Fussball-Europameisterschaften im Jahre 2004 einige Schweizer Fans anstelle der offiziellen Schweizer Fahne ihre Kantonsfahne geschwenkt.

Die Schweizer Fahne als Sonderfall

Als die Schweiz im Jahre 2002 den Vereinten Nationen (UNO) beitrat, sah sich die Organisation mit einem etwas ungewöhnlichen Problem konfrontiert: die Schweiz ist nämlich das einzige UNO-Mitglied mit quadratischer Flagge. Ein UNO-Reglement verlangt jedoch, dass die Flaggen, die vor dem Hauptsitz wehen, rechteckig sein müssen.

Glücklicherweise lässt eine weitere Verordnung Ausnahmen zu: wenn die Gesamtfläche einer (neuen) Flagge die Fläche der übrigen Flaggen nicht übertrifft, darf sie gehisst werden. Da die Schweiz mit dieser flächenmässigen Beschränkung einverstanden war, darf die quadratische Schweizer Fahne nun vor dem UNO-Hauptsitz in New York ungehindert wehen.

Die Form der Schweizer Fahne ist nicht gesetzlich vorgeschrieben. Jedoch wurde der Farbton seit dem 1. Januar 2007 genau festgelegt. Das Rot entspricht der Pantonezahl 485 und besteht aus einer Mischung von je 100 % Magenta und Gelb. Die exakte Form des Kreuzes hat vorgeschriebene Masse. Gemäss einem Dekret von 1889 müssen die Balken des Kreuzes von gleicher Länge sein sowie einen Sechstel länger als breit.