Das 16. Jahrhundert war in ganz Westeuropa geprägt von der Reformation, einer Bewegung, welche das westliche Christentum in zwei Lager teilte. Im Gegensatz zu den römischen Katholiken lehnten die so genannten Protestanten die Autorität des Papstes ab. Auch wenn die Bewegung auf der religiösen Ebene ausgefochten wurde, reflektierte sie auch deutlich die sozialen Spannungen, die vor allem zwischen Stadt und Land herrschten.

Wie anderswo in Europa kam es auch in der Schweiz zu Aufständen und Zerstörungen. Anhänger der Reform zerstörten die ihrer Meinung nach götzenhaften Statuen und Bilder in den Kirchen und vertrieben Mönche und Nonnen aus ihren Klöstern.

Parallel zu dem Unmut über die Kirche wurde auch der Wunsch nach gesellschaftlicher Veränderung laut. ‚Extreme’ protestantische Bewegungen wie die Anabaptisten, welche ihre Anhänger in ländlichen Regionen fanden, forderten unter anderem die Abschaffung von Zehnten und Pachtzinsen. Die Anabaptisten wurden jedoch von Anführern der protestantischen Bewegung nicht unterstützt.

Der Umgang mit der religiösen Opposition wurde sehr unterschiedlich gehandhabt: während Genf (vor 1536) gegen die Protestanten drastische Massnahmen ergriff (Ausweisung oder gar Verbrennung), wurde Basel zu einem Zentrum der Toleranz und Meinungsfreiheit.