Wie überall in Europa löste die Reformation auch in der Schweiz Religionskriege aus. Einige Regionen waren papsttreu, andere unterstützten die Reformation.

Als erster Kanton bekannte sich Zürich 1525 offiziell zur Reformation. Zwingli gelang es, die Bevölkerung der meisten wirtschaftlich entwickelten Städte der Deutschschweiz zu überzeugen. Abgesehen von Solothurn und Freiburg konvertierten alle Städte zum Protestantismus.

Wenig erfolgreich war Zwingli jedoch in den ländlichen Gebieten der Zentralschweiz. Die – im allgemeinen weniger gebildeten – Menschen liessen sich nicht nur kaum von seinen Argumenten überzeugen, sie misstrauten grundsätzlich allem, was aus dem ihrer Meinung nach zu mächtigen Zürich kam.

Die Kantone konnten sich auf keinen Kompromiss einigen. Auf der einen Seite schlossen sich die Reformierten zu einem Bündnis zusammen, auf der anderen bildeten die Katholiken eine Allianz mit dem österreichischen Herzog Ferdinand.

Zwingli wollte den Protestantismus unbedingt auf die ganze Eidgenossenschaft ausdehnen, die anderen protestantischen Kantone waren jedoch gegen einen Krieg gegen die Katholiken. 1529 lehnten sie einen entsprechenden Antrag Zwinglis ab. 1531 kam es dann doch zu einem Krieg (zweiter Kappelkrieg), bei dem Zwingli getötet wurde.

Im anschliessenden Friedensvertrag wurde das Bündnis der Reformierten aufgelöst und die Konfliktparteien einigten sich darauf, künftig die Religionswahl der anderen zu respektieren.