Obwohl sich die Reformation in den einfluss- und bevölkerungsreichsten Teilen der Eidgenossenschaft schnell durchgesetzt hatte, gelang es den Katholiken, ihre Kräfte für einen Gegenschlag zu mobilisieren.

Auch in den katholischen Gebieten fand eine Entwicklung statt. Weltliche Behörden übernahmen Aufgaben, die vorher von Bischöfen wahrgenommen worden waren (Gerichts- und Finanzwesen) und ernannten manchmal sogar Priester.

Nach dem Beispiel der Reformatoren errichteten auch die Katholiken Schulen, welche von den Jesuiten geleitet wurden.

Einen wichtigen Beitrag zur Erneuerung des Katholizismus in der Schweiz leistete der Kardinal Carlo Borromeo (Karl Borromäus) (1538-1584). 1579 gründete er das Collegium Helveticum in Mailand, an dem die Schweizer Geistlichen ausgebildet wurden. Borromeo, der 1610 heilig gesprochen wurde, gilt als Schutzheiliger der Katholischen Kirche in der Schweiz.

Die Katholiken eroberten auch einige Gebiete zurück. Nach ihrem Sieg bei Kappel (1531) kamen einige gemeine Herrschaften unter ihren Einfluss. Nachdem 1567 Bern das Chablais und das Pays de Gex an die Savoyer zurückgegeben hatte, traten diese das Gebiet an die Katholiken ab. Auch das Wallis kehrte unter dem Einfluss der katholischen Kantone allmählich wieder zum katholischen Glauben zurück.

Andere Gebiete blieben protestantisch, obwohl sie grossem Druck ausgesetzt waren. Ein Beispiel ist das Toggenburg, das trotz seiner Zugehörigkeit zum Kloster St. Gallen am protestantischen Glauben festhielt. Es gab auch Kantone, in denen man die Religion frei wählen konnte. In Glarus lebten sowohl Katholiken als auch Protestanten. Das Appenzell hatte damit etwas mehr Mühe und teilte sich 1597 in einen katholischen (Innerrhoden) und einen protestantischen Teil (Ausserrhoden).