Calvins Wirken hatte einen grossen Einfluss auf Genf. Sein Versuch, die Macht an die Geistlichen zu übertragen, liess niemanden kalt. Einige waren begeistert, andere fanden dies lächerlich. Genf erhielt spöttischerweise sogar den Übernamen: "Hieropolis" (die heilige Stadt).

Der Charakter der Stadt änderte sich unter Calvin erheblich. Einerseits wegen der neuen Regierungsform, die Calvin einführte, und andererseits wegen der vielen Flüchtlinge aus Frankreich, Italien, Holland und England, die vor der religiösen Verfolgung in ihren Ländern flohen. Diese Immigranten unterstützten Calvin, was den Missmut der Einheimischen, die um ihren Einfluss fürchteten, schürte. 1555 wurde jedoch ein Aufstand der alt eingesessenen Genfer zerschlagen.

Einige Flüchtlinge wurden zu Calvinismus-Lehrern ausgebildet. Einer dieser Flüchtlinge war John Knox, der Gründer der Church of Scotland (schottische Kirche).

Unter den Flüchtlingen gab es auch viele Drucker und Publizisten, welche einen grossen Beitrag zur Verbreitung des reformatorischen Gedankenguts leisteten. 1559 wurde die 'Académie de Genève' (heutige Universität) gegründet. Die Académie mit ihrem theologischen und humanistischen Seminar brachte viele Studierende nach Genf.

Unter den Flüchtlingen, die im Zuge der Reformation nach Genf kamen, waren auch viele Handwerker, Banker und andere Berufsleute, welche viel zur Entwicklung der Stadt beitrugen.

Der Savoyer Herzog Karl-Emmanuel I unternahm 1602 einen letzten Versuch, Genf zurück zu erobern. Sein nächtlicher Angriff scheiterte jedoch am Widerstand der Bevölkerung. Diesen gescheiterten Eroberungsversuch nennt man 'Escalade' - in Erinnerung an die Leitern, welche die Savoyer an die Stadtmauern gestellt hatten, um in die Stadt einzudringen.