Der Beginn der Reformation fiel mit Berns Expansion Richtung Westen zusammen. Bern profitierte von der Schwäche der Savoyer, die über einen Teil des Waadtlands regierten.

Die Bürger von Genf waren zu der Zeit in einen Streit mit ihrem Bischof, der von den Savoyern unterstützt wurde, verwickelt. Bern und Genf teilten also ihre savoyerfeindliche Haltung und schlossen 1526 eine Allianz.

Als die Berner befürchteten, die geschwächten Savoyer könnten von den Franzosen übernommen werden, schritten sie 1536 zur Tat und eroberten die Waadt, das Chablais und das Pays de Gex (letztere gehören heute zu Frankreich). Weiter marschierten die Berner – unterstützt von Freiburg und Wallis - in Genf ein.

Genf durfte seine Unabhängigkeit behalten, Lausanne und die Waadt als Ganzes, die bisher durch eine ähnliche Allianz wie Genf mit Bern verbunden waren, wurden einverleibt.

Nach der Eroberung der Waadt führte Bern umgehend die reformierte Religion ein. Sowohl Lausanne als auch Genf wurden zu französischsprachigen Zentren des Protestantismus.

Die Berner Eroberung der Waadt im Jahr 1536 schlug eine Brücke zum savoyischen, nach Autonomie strebenden Genf. Doch erst die Hinwendung von Heinrich Bullinger, dem Nachfolger des gefallenen Zwingli, zum theologischen Gegenspieler Calvin schaffte im Krisenjahr 1548 die langfristige geistige Voraussetzung für die spätere Integration von Genf in die Eidgenossenschaft.