Die Differenzen zwischen Progressiven und Konservativen wurden in den 1840-er Jahren immer grösser. Ausgetragen wurde der Konflikt auf religiöser Ebene, d.h. offiziell wurde um die Rolle der katholischen Kirche – insbesondere der Jesuiten - gestritten.

Als Luzern 1844 die Ausbildung auf sekundärer Stufe an die Jesuiten übertrug (was der Verfassung nicht widersprach), reagierten die Progressiven vieler Kantone bestürzt: sie waren der Ansicht, der Papst erhalte dadurch zu viel Einfluss auf den Kanton. Es kam sogar zu (erfolglosen) Versuchen der Radikalen, die Luzerner Regierung gewaltsam zu stürzen.

Um ihre Rechte gegen die Progressiven/Liberalen besser verteidiguen zu können schlossen sich die sieben konservativen Kantone Schwyz, Uri, Unterwalden, Luzern, Zug, Freiburg und Wallis zum so genannten Sonderbund zusammen. Zur Stärkung des Sonderbunds suchten sie auch Unterstützung bei ausländischen Mächten. Als dies 1845 bekannt wurde, verlangten die Liberalen die Auflösung des Sonderbunds. Es dauerte jedoch bis 1847, bis die Eidgenossenschaft über genügend Kantone mit liberaler Regierung verfügte und so der Sonderbund in der nationalen Behörde für verfassungswidrig erklärt werden konnte.