Zwischen 1798 und 1815 erfuhren die Schweizer Grenzen einige Veränderungen.

1798 wurden die Alliierten Städte Genf und Mulhausen in Frankreich integriert. 1802 gliederten die Franzosen das Wallis aus der Helvetischen Republik aus. Einige Jahre war das Gebiet unabhängig, bis es 1810 unter dem Namen Departement Simplon von Frankreich übernommen wurde. Das Wallis spielte wegen seiner Alpenpässe (Grosser St. Bernhard und Simplon) eine wichtige Rolle für Frankreich.

Die Eidgenossenschaft kam ebenfalls zu zusätzlichem Territorium: das früher österreichische Fricktal (am Rhein, östlich von Basel gelegen) wurde 1799 zwar von den Franzosen eingenommen und kam als separater Kanton zur Eidgenossenschaft. Diesen Status genoss das Fricktal jedoch nicht lange: nach den Verhandlungen um die Mediationsakte wurde das Gebiet ein Teil des neu geschaffenen Kantons Aargau, zu dem es auch heute noch gehört.

Um das Bündnerland (heute: Kanton Graubünden) rangen zwischen 1799-1800 Österreicher und Franzosen, bis die Franzosen 1801 das Gebiet schliesslich endgültig eroberten und der Eidgenossenschaft als 16. Kanton überliessen. Die Territorien, die Napoleon 1797 in die Cisalpine Republik integriert hatte, erhielt die Eidgenossenschaft jedoch nicht zurück.