Da die Schweiz Ende des 18. Jahrhunderst unter den Einfluss Frankreichs geriet, konnte sie sich nicht aus dem Krieg, der in Europa wütete, heraushalten. 1799 wurde die Schweiz zu einem unfreiwilligen Schlachtfeld, als österreichische und russische Truppen versuchten, die Franzosen zu vertreiben. Die Präsenz der vielen ausländischen Soldaten in der Schweiz führte zu einer weiteren Verarmung des Landes.

Die Helvetische Republik war praktisch unregierbar, da das Parlament in ein föderalistisches und ein zentralistisches Lager gespalten war. Dies führte zu einem Bürgerkrieg, weshalb sich Napoleon als "Mediator der Helvetischen Republik" einschaltete.

Im März 1803 wurde die Mediationsakte verabschiedet, die das alte kantonale System wieder herstellte, wobei die ehemaligen Untertanen als gleichberechtigte Vollmitglieder in die Eidgenossenschaft aufgenommen wurden. Dies führte dazu, dass die Eidgenossenschaft im Jahre 1803 um sechs Kantone (Aargau, Graubünden, St. Gallen, Thurgau, Tessin und Waadt) erweitert wurde.

Die neue Verfassung gab der Eidgenossenschaft ihre Neutralität zurück, allerdings war sie weiterhin verpflichtet, Soldaten für die französische Armee zur Verfügung zu stellen. Viele Schweizer Soldaten fielen im Kampf für Frankreich.

Am bekanntesten wurden die Schweizer Soldaten für ihren Kampfgeist an der Berezina während Napoleons Rückzug aus Moskau (1812). Einen ganzen Tag lang hielten etwa 1'300 Schweizer 40'000 Russen in Schach, damit der Rest ihrer Armee den Fluss auf Pontons überqueren konnte. Der grösste Teil der Schweizer bezahlte diese Aktion, welche die französische Armee vor einer kompletten Zerstörung bewahrte, mit dem Leben.