Dass sich die Eidgenossen darauf einigen konnten, nicht in den Dreissigjährigen Krieg einzugreifen bedeutete noch lange nicht, dass sie ihre religiösen Konflikte gelöst hätten: innerhalb von 60 Jahren kam es zu zwei weiteren Religionskriegen. Da die entscheidenden Schlachten jeweils in Villmergen (gehört heute zum Kanton Aargau) ausgetragen wurden, heissen sie Erster und Zweiter Villmergerkrieg.

Der erste Krieg (1656) war die Folge eines Zürcher Versuchs, die Situation der Protestanten in katholisch dominierten Gebieten zu verbessern. Er endete mit einer Niederlage der Protestanten.

Auslöser für den zweiten Krieg (1712) war der Streit zwischen dem reformierten Toggenburg und dem Kloster St. Gallen über den Bau einer Strasse, welche die zentralen (katholischen) Kantone mit (dem ebenfalls katholischen) Süddeutschland hätte verbinden sollen. Die Toggenburger erhielten Unterstützung von Bern und Luzern und besiegten die Katholiken.

Mit dem anschliessenden Friedensvertrag wurde das Machtverhältnis zwischen katholischen und reformierten Kantonen geändert, d.h. die katholischen Kantone verloren ihre Dominanz.